宋代知识分子援佛入儒，发展出别具特色的“理学”，是儒家融和、吸收佛教哲学，着重于阐述“心性”与“天道”[27]的理论。这是佛教信仰普遍为中国人所接受的力证。
宫廷密教时期（元、明、清）——约13世纪至19世纪
元世祖忽必烈尊萨迦派八思巴为国师，命八思巴等勘定汉、藏两种藏经，撰成《至元法宝勘同总录》。嗣后历代皆崇信藏传佛教，均优遇喇嘛教，保护僧徒，密教乃广行于蒙、藏、汉三地。明代亦以崇仰藏僧的方式来治理西藏，广封法王。
明、清两代是中国佛教式微时期，佛教至明代已深入中国民间，甚至产生佛、道不分的情形。明太祖为加强对佛教的管理，曾颁布法令，严禁僧俗往来。清代朝廷对蒙古采取怀柔政策，帝王崇尊密教，为喇嘛僧建立寺庙，雍正并改北京雍和宫为喇嘛寺。此时民间或有他宗信仰，但法运衰微，佛教益颓，末渐盛行居士佛教[28]。
净土经忏时期（清末民初）——约19世纪至20世纪
明太祖鉴于佛教团体民间势力的庞大，颁布诏令，将佛教划归为山林之教，自此僧侣或以山居自修为依归，或居市集以念佛诵经超度亡灵为本业，失去大乘佛教弘法利生、广结人缘的菩萨精神。