中日僧侣的往来，有力地推动了日本汉诗文、数学以及茶道等的发展。14世纪末以五山禅僧为主体掀起了汉诗文的创作热潮，形成了独放异彩的五山文学。日本的禅寺既学习佛法，也从事各种学术研究。在中国数学的影响下，在那里从事研究的学者，积极钻研中国的数学，交流禅僧带回的学术信息。日本数学在554—1623年进入中国数学采用时代。14、15世纪朝鲜翻刻的宋元数学著作，如《杨辉算法》与朱世杰《算学启蒙》都流传日本，《算学启蒙》还被日本长期用作数学教本。日本大数学家关孝和受到中国应用筹算解线性方程组的简便运算的启示，在1683年发表《解伏题之法》的著作，创造出世界最早的行列式，比莱布尼茨在1693年提出行列式早了10年。
14世纪入元的禅僧，将中国饮茶风习带回日本。从此，在日本禅僧和与禅僧关系密切的武士社会中，开始盛行唐式茶会，品茶、赛茶、猜茶成为一种十分活跃的社交活动。这种唐式茶会在日本南北朝时代（1336—1392年）逐渐流行，到室町时代（1378—1573年）成为普遍的社会习俗。饮茶、品茶、点茶很讲究礼法，使用的茶具，进食的点心、果肉，都以中国风味和禅林清规为准。举行茶会的茶亭仿照中国禅寺的亭榭建造在风景绝佳的庭院的阁楼上，茶亭内部的陈设也都流行中国式样，要悬挂中国书画、禅宗佛画，摆设中国家具、古玩。至15世纪下半叶，禅僧村田珠光得到幕府将军的许可，制定茶室的法度，开创了日本茶道。后经不断发展，至千利休而集大成。日本的茶道以禅宗依赖内心省悟的“和敬清寂”作为基本精神，在16世纪已经完全平民化，而为一般日本民众所接受。