此即所谓《格物补传》。这里面最重要的意见，还是一种心，理两分说。此所谓理，是兼包事物之理而言。若谓物理、吾心是二非一，此尚可说。谓事理、吾心判然划分，则义难圆成。然朱子持此见解，也自有他思想上的背景。《玉山讲义》也如《格物补传》，可以代表朱子晚年意见。《讲义》里说：
天之生物，各付一性。性非有物，只是一个道理之在我者耳。故性之所以为体，只是仁、义、礼、智、信五字。天下道理不出于此。物理如何亦用仁、义、礼、智、信五字包括，此是一大漏洞。朱子在此处，未能有详细发挥。后世之言性者，外杂佛、老，所以将性字作知觉心意看了，非圣贤所说性字本指。
这里说出了宋儒思想一重要关键。佛家言佛性，实际只是指一个“觉”朱子说：
知觉之理是性，所以当如此者，释氏不知。他但知知觉，没这理。（《语类》卷一二六）
佛家又从“知觉是性”转出“作用是性”来，此到禅宗盛后更显。朱子说：
释氏专以作用为性，在目曰见，在耳曰闻，在鼻嗅香，在口谈论。在手执捉，在足运奔。且如手执捉，执刀胡乱杀人，亦可为性乎？（《语类》卷一二六）
庞居士神通妙用运水搬柴之颂，须是运得搬得，方是神通妙用。若搬运得不是，如何是神通妙用？佛家所谓作用是性，他都不理会是和非，只认得那衣食作息视听举履便是道。说我这个会说话会作用底，叫着便应底，便是神通妙用，更不问道理如何。儒家则须是就这上寻讨个道理。（《语类》卷六十二）