当然，朱元璋不是平庸之辈。他要诛杀蓝玉就必须罗列一些莫须有的罪名，他知道赤裸裸的杀戮不仅无助于政局的稳定，反而会引起无法控制的动荡。为此，他编织了一套罪名：局外人勾通胡惟庸被诛，蓝玉生怕此事进一步牵连自己，便与其心腹将领密谋反叛，定于二月十五日朱元璋出正阳门外劝农时，以事先埋伏好的人马将其斩杀。但这一密谋被锦衣卫检校所获得，迅速密告了朱元璋，未等蓝玉起事，朱元璋先发制人，未通过正常的司法程序，便在三天之内将“要犯”蓝玉处决。
处决蓝玉并不意味着该事件的结束，恰恰相反，是朱元璋再兴大狱的开始。及时处决蓝玉，灭其口供，使朱元璋能够随心所欲地株连其他功臣。这是独裁者的惯用伎俩，朱元璋是这一伎俩的集大成者。为了清除他认为不可靠的官员，朱元璋借蓝玉谋反罪名，株连蔓引，将其一网打尽。被杀的主要武将有开国公常升、景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舶舵侯朱青、普定侯陈桓、宣宁侯曹泰、东平侯韩勋、会宁侯张温、全宁侯孙恪、西凉侯濮瑟玷、沈阳侯察罕、怀远侯曹兴、东莞伯何荣、徽先伯桑敬及都督黄略、马俊、王铭、许亮等十几人。文官则有吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人。诛杀的中下级军官更是不计其数。蓝玉之案与胡惟庸案为朱元璋一手炮制的洪武时期的两大惨案，两案共诛杀四万余人，史称“胡蓝之狱”。