明教的来源可以上溯到唐朝。原来叫摩尼教，是波斯人摩尼(216—277)所创。这个教是个大杂烩，掺合了基督教、袄教、佛教而成为一个新宗教。主要的教义是二宗三际；他们认为世界上有两种不同的力量，叫作明暗二宗，明是光明，是善，是理；暗是黑暗，是恶，是欲。这两种力量，对立斗争，经过三个阶段，叫初际、中际、后际。初际阶段，还没有天地，便已有了明暗，明性智慧，暗性痴愚，形成对立状态。中际阶段，暗的力量发展扩大，侵占压迫了明的力量，恣情驰逐，造成“大患”,这时明玉就出世了，经过斗争，把黑暗赶走。后际阶段，明暗二宗，各复本位，明既归于大明，暗亦归于积暗。初际明暗对立，是过去；中际明暗斗争，是现在；后际明暗复位，是未来。明教的神叫明使，也叫明尊，明王。
唐武周延载元年(694),传到唐朝，又传到回鹘，回鹘政府和百姓极为尊信。明教教规不设偶像，不崇拜鬼神，吃斋，禁止杀生，教徒穿白衣服，戴白帽子，天黑了才吃饭。回鹘当时帮唐朝打仗有功，因此，回鹘人崇信的明教，唐朝也刻意保护。到9世纪中期，回鹘内乱，为唐军所败。
唐会昌五年(845),禁止佛教，明教也被禁止了，教堂被封闭，不许传播。此明教便成为秘密宗教，暗地里在民间活动，吸收了佛教和道教许多东西，又渗入许多民间的原始信仰，成为杂七杂八的混合宗教了。