虽然黄金基金号称风险小、收益稳定，但不代表它没有风险。许多购买基金的人会忽略风险，结果造成资金损失，又对基金投资失去信心。其实任何投资都存在风险，黄金基金投资不是十全十美的投资方式，也有其自身的局限性，主要体现在以下几个方面。
（1）投资于该基金并不能完全消除黄金价格变动带来的所有风险，也可能因经纪人的管理不善、决策失误或大市不利等因素而亏损。
（2）处在大熊市中，投资基金的表现可能比股市或黄金现货市场还差；而处在大牛市中，其获利反而不如投资于黄金或现货。
（3）如果频繁买卖基金，所支付的手续费可能较高，从而增加投资成本。
国外有一种交易所交易黄金基金，是属于新的投资方式，购买这种证券也就是买进一定数量份额的黄金，只不过存放在发行证券的公司所指定的金库里，必要时可以兑换成实物黄金。这和国内银行开办的黄金账户有类似之处，但这种基金因为可以兑换实物黄金，风险性质会降低一些。
投资者买入这种证券可以在市场上卖出，也可以兑换成实物黄金。买卖这种证券实际上就相当于买卖黄金，但是不需要储存和保管，从而节省了大笔费用。由于它们在股票交易所上市，为投资者购买提供了方便，可以通过上网直接买卖。其价格和国际金价直接挂钩，容易获利。买卖的单位小，有利于小投资者入市。不过目前国内尚未推出这样的基金品种。