康熙时期，准噶尔部由噶尔丹执政。他执政后，首先吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部，紧接着进占青海的和硕特部，最后又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心日益膨胀起来。而当时也正是沙皇俄国疯狂向外扩张的时期，为了达到侵略中国西北边疆的罪恶目的，沙俄开始不断地对噶尔丹进行拉拢利诱。
原来，自沙俄在雅克萨失败以后，他们并不甘心，一直耿耿于怀。就在《尼布楚条约》签订的第二年，在沙俄的不断唆使下，噶尔丹野心勃勃，先是兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。谁曾想，漠北蒙古如此不堪一击，很快就被噶尔丹击败了。走投无路之下，几十万漠北蒙古人逃到漠南蒙古，请求清朝政府给予保护。玄烨听闻后，第一次派使者面见噶尔丹，要求他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹仗着有沙俄撑腰，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，开始大举进犯漠南蒙古。
这下可惹怒了玄烨，他立即召集大臣商议此事，在会议上宣布由他亲征噶尔丹。他认为，噶尔丹这个人气焰如此之旺，野心也不小，日后肯定还会干出其他出格的事情。他既然能打进来，肯定清廷一定要反击。康熙二十九年（1690年），玄烨率兵亲征，他决定兵分两路：左路由抚远大将军，即由二哥福全率领，出古北口；右路由安北大将军，即由弟弟常宁率领，出喜峰口。玄烨则亲自带兵在后面指挥。右路清军最先跟噶尔丹军队交战，最后打了败仗。噶尔丹气势汹汹、长驱直入，一直打到距离北京只有700里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）。此时，屡次夺胜的噶尔丹更加得意洋洋，居然还派使者向清军交出他们的仇人。