克莉奥佩特拉三世的这一举动，遭到了埃及上下、尤其是都城亚历山大民众的强烈反对。大臣上书说：小王子为人软弱，缺少主见，而托勒密九世明智果断、处事干练，二者相较，差别十分明显。托勒密九世虽错误在先，但是如果王后就此舍贤就愚，以小王子取而代之，势必引起众怒，进而导致全国的混乱。希望王后三思而后行。克莉奥佩特拉三世见众怒难犯，民意难政、只好放弃打算，改命小儿子为塞浦路斯总督，朝中王权暂时由她本人代管。
此后的日子里，克莉奥佩特拉三世整天忙于国事，几乎不可开交。她开始体会到长子在国事中的重大作用。一个人难以应付王权的大局。而被放逐在边远地区生活的托勒密九世也悟出了母后力量的强大，也试探着让近臣去向母后求情。第二年，母子二人各自从自己的利害关系出发，言归于好。恢复了母子关系。
但是，复位后的托勒密九世不久又再次和克莉奥佩特拉发生了冲突。吸取前次教训的他知道母命难违的道理，就下决心要彻底解决这一时刻存在的压力——解除母后在朝中的一切权利。然而，他又一次失败了。他哪里知道母亲在父王在时就大权在握、其根基之厚、党羽之多、信臣之众、权力之大是他难以撼动的。其结果是：克莉奥佩特拉三世再次将他逐出王宫，毅然再召幼子回到埃及，冲破层层障碍。扶立幼子为托勒密十世为国王，并宣布自己和幼子共同执政。