1939年下半年，日本关东军和伪军共7万余人，以抗联第1路军为主要目标展开大“讨伐”。抗联第1路军进行艰苦卓绝的反“讨伐”作战，取得安图大沙河、红旗河伏击战，奇袭哈尔巴岭车站和天宝山铜矿等战斗的胜利，但因敌众我寡，本身损失很重。1940年2月23日，第1路军总司令兼政委杨靖宇在濛江（今靖宇县）壮烈牺牲。同时，第2路、第3路军也积极进行反“讨伐”作战，在黑嫩平原予日伪军打击，但本身损失亦重。1940年1月24日至3月19日，中共吉（林）东、北满省委的代表举行联席会议，决定保存实力，逐渐收缩，将各路军缩编为10个支队，实际上几个方面军的番号仍继续使用。
1940年3月，东北抗日联军之中共吉（林）东、北满党代表会议在苏联伯力（哈巴罗夫斯克）举行，确定东北抗联以保存实力为主的游击运动方针。12月，东北抗联代表第二次在伯力举行会议，确定在特殊状态下，东北游击运动临时接受苏联方面领导。是年底至1941年初，东北抗日联军为在东北继续坚持斗争，第1路军、第2路军大部和第3路军一部先后转入中苏边境整训。东北抗日联军人员进入苏境后，分别在苏联远东军双城子（乌苏里斯克）与海参崴（符拉迪沃斯托克）之间的一个小火车站附近和伯力（哈巴罗夫斯克）附近的费·雅斯克农庄建立南北两个野营。