与此同时，在北京城内是热闹非凡。多尔衮组织人马隆重地迎接清世祖顺治帝入关，在北京建立了大清朝廷，准备全盘控制整个江山。为了表彰吴三桂开关请兵之功，清朝廷册封他为平西王，并赏银万两，吴三桂竟然也不假思索地接受了下来。
这样一来，当初吴三桂请兵相助的初衷完全变了质，不折不扣地成为开关迎敌的民族败类。
南明新朝廷深知吴三桂手握重兵，举足轻重，因而遣特使前往绛州，欲封吴三桂为蓟国公，并从海路运米三十万担、银五万两犒劳吴军。不料吴三桂因已受封于清廷，不肯再接受南明皇朝的这一套，他已经决定彻底归附于满清手下。陈圆圆又多次规劝吴三桂弃清返明，以尽忠义之道，可惜吴三桂已是执迷不悟，一门心思地追随清廷。
清顺治二年（公元1645年），吴三桂继续协助清兵西讨，由山西渡黄河入潼关，攻克西安，消灭了李自成的主力。1645年5月，李自成在九宫山战死，其余部很快就基本被消灭了。
随后，吴三桂又风尘仆仆，东征西伐，为清廷统一中国立下了汗马功劳。最后他为清廷拿下了西南一带，将最后一个南明小朝廷——永历皇朝赶往缅甸，清廷诏令他坐镇云南，总管西南军民事宜。
云南昆明西郊的五华山上，风光旖旎，气候宜人，吴三桂受封平西王，自诩云南王。开始在这里大兴土木，修建王府，工程浩大，共持续了十年，才建成富丽堂皇的平西王府。