袁大人看他不爽不是一天两天了，以前官小奈何不了他，现在辽东属袁督师第一，毛文龙再扑腾也是个二等角色。让袁崇焕讨厌他具体有这么几点：一是毛文龙总是谎报战功，他除了头几年骚扰过后金几票后来就鲜有动态，如此便常常会抢袁大人的风头，给袁大人“哪都有你”的反感，比如努尔哈赤死的时候，他插了一本说，是他在后方放枪让努尔哈赤更惊恐急死的，白白分了袁大人的荣誉；二是毛文龙多年自由在外，不服管束，有这么一个刺头，袁督师的辽东队伍会不好带的；三是最重要的，毛文龙一介武夫，在碧血横飞的战场是很看不上科举出身的袁崇焕的，这就戳了死穴了，当毛还嚣张地倒人参的时候，袁大人已默默在心里记住他了。早在袁大人去辽东时，首辅钱龙锡就问过，如果毛文龙不听你的怎么办，袁大人冷静地答：“可用即用，不可用即杀之。”
崇祯二年（公元1629年），袁大人就感觉到毛文龙“不可用”了，他带着一群人直接到了毛的辖区。毛文龙看见袁崇焕前来宝岛做客，开始表现还是挺客气的，毕竟袁崇焕论品级比他要大，于是备下好多好吃的接待袁长官。袁长官起初也还算和气，亲切地问起毛文龙，出外征战这么多年，有没有想念老家杭州呢，并贴心地告诉他，杭州风景如画，空气清新，那里的条件相当不错，尤其适合养老。毛总兵越听越不是滋味，合着绕来绕去，其实是想让他卷铺盖滚蛋的意思啊，但是直接向袁长官发作也不太合适，只好半是顶撞半是隐忍地说了一句“（故乡虽好）但是我得在这里，为皇上牵制后金”。袁崇焕经过席间一番谈话，明白了毛文龙故意逆着他意思来，袁督师版的“杯酒释兵权”挑战失败，毛文龙的地位便岌岌可危。一天过后，袁崇焕借着犒赏岛兵的名义又喊来了毛文龙，毛文龙未知何故，还没等开口讲话，说时迟那时快，袁崇焕突然下令将毛文龙的官服扒掉，请出来前崇祯给他的尚方宝剑，面对着京城的方向，开始历数毛文龙十二大罪状，每条罪都很牵强，不过这不重要，重要的是袁崇焕要他死，他就必须得死。宝剑斩杀毛文龙之前，袁崇焕想让他死个明白，便大声喊出了那句足以暴露他最大弱点的话：“你道本部院是个书生，本部院却是个将首！若臣五年不能平奴，求陛下亦以诛毛文龙者诛臣。”