很快华盛顿就给约翰·亚当斯先生写了回信，他没料到自己刚刚离任，美国就会面对外敌入侵的危险。美国出现了这样大的事情，以华盛顿的个性，他是无法待在弗农山庄过安逸生活的。华盛顿表明，假如敌军胆敢入侵美国，他会首先站出来进行抵抗。除了答复约翰·亚当斯的信之外，华盛顿还给其他人写了同样的回信，在这些信发出去之前，约翰·亚当斯开始向国会建议任命华盛顿为全国武装部队的总司令官。7月4日，国会批准了这一建议，并指示国防部长带着总统的亲笔信前去弗农山庄。得知了这一消息后，华盛顿深为个人的平静生活被干扰而感到伤心，但他强烈的爱国心使他马上改变了自己的态度，欣然接受了任命。
1797年年初，华盛顿告别了弗农山庄，前去费城安排队伍的组建事宜。早在华盛顿到来之前，国防部就有着一系列急需解决的事情，这些事情的核心就是如何组建队伍，华盛顿和平克尼、汉密尔顿两位少将对这些事情逐一进行了探讨研究。为了解决这些问题，华盛顿忙碌了有五个星期之久。最后，华盛顿把这些问题的整理结果汇总后上报给了陆军部长。现在，身为总司令官的华盛顿每天都要处理各类的推荐信、申请书，面对如此烦琐的事情，华盛顿也一向都不会大意，他在尽自己的全力来避免用人不当的事情发生。接受任命的时候，华盛顿就决定，除非形势万分紧急，否则他是不会亲临战场指挥的；这样，用人得当就显得更为重要了。当时费城的冬天十分寒冷，华盛顿把具体的指挥权交给了国防部长诺克斯上将，他本人则回到了弗农山庄。